Fedora 9 zawierała eksperymentalną obsługę systemu plików ext4, a Fedora 11 miała ją już jako domyślną. Jednakże ówczesna wersja programu GRUB nie obsługiwała ext4, więc wymagana była oddzielna partycja startowa sformatowana jako ext3 lub ext2. Fedora 12 zawiera teraz zaktualizowaną wersję programu GRUB z obsługą ext4. Anaconda (instalator Fedory) także na to pozwoli.

Używany do Fedory 10 włącznie system uruchamiania (początkowy dysk RAM, nazywany też initrd) był monolityczny, ściśle związany z dystrybucją i mało elastyczny. Zostanie on zastąpiony przez Dracut, początkowy dysk RAM ze strukturą opartą na zdarzeniach, zaprojektowany tak, aby był niezależny od dystrybucji. Został także zaadoptowany przez pochodny Fedory system operacyjny XO projektu OLPC. Moduły OLPC dla systemu Dracut są dostępne w repozytorium Fedory. Wczesne testowanie i komentarze są mile widziane.

Ustawianie trybu przez jądro (KMS) jest teraz domyślnie włączone także na systemach z kartami graficznymi firmy NVIDIA, przy użyciu sterownika Nouveau. Fedora 10 zawierała obsługę KMS, ale tylko dla niektórych kart firmy ATI. W Fedorze 11 zostało to rozszerzone także na karty firmy Intel. Te wydanie rozszerza obsługę KMS także na karty firmy NVIDIA.

W wyniku tego ulepszenia użytkownik może zauważyć szybsze i płynniejsze uruchamianie graficzne na prawie wszystkich systemach, przez system uruchamiania graficznego plymouth rozwijany w ramach Projektu Fedora.